Alles bij elkaar beheert het museum ruim 550.000 objecten. In de collecties zijn ruim 11.000 soorten te vinden, waaronder meer dan ruim 1000 type-exemplaren.
Geologie / Paleontologie: Door zijn ligging midden in het mergelland van Nederlands en Belgisch Limburg, ligt het voor de hand dat het zwaartepunt van de collectie wordt gevormd door de collectie fossielen uit het Boven-Krijt, het Maastrichtien, waarvan het typegebied (71.3 – 65.4 Ma) als het ware voor de deur ligt. Deze collectie behoort tot de grootste en belangrijkste collecties van Europa. Ook de collectie petrologie is door zijn veelzijdigheid en op onderdelen compleetheid, van groot belang. Tenslotte is collectie fossielen uit de kleilagen van Tegelen van internationaal belang.
Entomologie: De collectie Entomologie omvat een groot aantal deelcollecties op het gebied van insecten en spinnen. De belangrijkste collecties zijn de collecties mieren, termieten en mierengasten, de collectie sprinkhanen en krekels en de collectie vlinders.
